从1994年海南省试行“燃油费”到1999年全国人大通过《公路法》将燃油税列入法律再到油价飞涨的2004年，燃油税已经经历了十个年头的磨难迟迟不能推出。这样一个既能增加政府财政收入，又能够利用经济杠杆来节约能源的政策如此难产的背后，一定是有着许多难以协调的问题和矛盾。
征收燃油税对消费者生活影响不小
目前看来，征收燃油税有无法绕过的几大难点：
首先是中央政府与地方政府之间的利益博弈
按国家费改税政策，燃油税取代了原来归地方财政所有的养路费、客运附加费、运管费等14项规费，其中养路费占80％。而费改税后，进口油燃油税全归中央，地方油燃油税中40％归中央。目前50％的燃油靠进口的国情，即表明费改税后归地方的燃油税仅占30％。如此一来，地方财政用以支付道路养护费用、以及维持交通基础设施的可持续发展的资金就变得十分有限。同时，各地由地方政府筹资甚至是企业出资建设的高速公路、高等级公路一下子和国家投资的国道一样取消收费，似乎也不太可行。
其次是公路部门和税务部门之间的利益可能产生冲突
原来养路费的征收都是由各地公路部门征收，而燃油税毫无疑问将由税务部门进行征收。这样的话，不仅公路部门少了一大块养路费收入，而且公路部门收费人员的去向也是一大问题。据称，2000年前后燃油税推出功亏一篑，也与当时需要安置27万路桥收费人员有很大关系。
第三是油价与税率的关系
据说当年燃油税方案是按照国际原油每桶15美元设计的，如今国际市场每桶50美元以上的高油价，已经使得燃油税率的选择余地非常小。按照中央的精神，征收燃油税以不增加私车消费者的支出为宗旨，如果以50％的税率征收，按照目前93号油约3.73元/升的价格，使用百公里油耗10升、一年跑2万公里的私车，车主一年增加的燃油税支出将是3700元左右，而减少的养路费支出大概在3000元左右，因此支出反而增加了。当然税率太低又会失去杠杆调节功能并影响到国家的税收。所以燃油税率定在什么水平是个难点。
第四是征收环节的难题
从生产环节征收（也就是直接打在炼油厂的出厂油价里），会由于出厂油价相比国际油价贵而诱惑非法分子走私。从流通环节征收，全国十多万个加油站要加装税控机并统一管理，成本巨大且容易产生腐败和偷税漏税现象。
第五是征收对象的难题
我国的汽油约有20％、柴油约有80％是非车用油。因此，对于不上路的工业及农业生产等用油征税，将造成非车用油成本大幅上升，只能导致产品价格上涨，或者国家出台相应的退税政策，而退税金额如何测算、退税如何能够及时到位也是问题。同时，巨大的车用油与非车用油差价又可能会产生“油价双轨制”，造成类似原来进口车许可证那样的倒买倒卖。
第六是运营车辆的成本问题
开征燃油税对于私家车是一个利好，但是对于靠“喝油”过活的长途客货车、公交车、出租车主来说，将大大增加他们的运营成本。假设开征税率为30％，燃油税每升在1元以上，一辆百公里耗油10升的出租车每个月跑1.5万公里，一年增加的油费支出就将近2万元！
可以肯定，开征燃油税会引发某些问题，但不开征问题更多。燃油税早晚要上，必然会对涉及的方方面面产生有利或不利的影响。可以说，没有一个方案可以完美地解决所有的问题，也没有哪个部委或者总局能够拍板燃油税。从某种角度上说，燃油税不是方案的问题，是决策的问题。
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